Cikal bakal Fakultas Ekonomi Universitas Almuslim ditandai dengan berdirinya Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi di lingkup Perguruan Tinggi Almuslim yang operasionalnya berkerja sama dengan Sekolah Tinggi Ilmu Manajemen (STIM) Banda Aceh. Pada saat itu yang menjabat sebagai Dekan adalah Zulkifli, SE. M.Si. dan Pembantu Dekan I adalah Chairuddin Nour, SE.
Seiiring dengan terbitnya izin operasional Univeritas Almuslim pada tanggal 15 Januari 2003, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 02/D/O/2003 maka kerjasama dengan STIM Banda Aceh dihentikan dan Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi beralih menjadi Fakultas Ekonomi dengan Program Studi Ekonomi Pembangunan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 4751/D/T/2004 tanggal 8 Desember 2004 dengan Pj. Dekan Dr. Ishak Hasan, M.Si dan Pembantu Dekan I Chairuddin Nour, SE.
Tahun 2005 terjadi penggantian pimpinan di Fakultas Ekonomi Universitas Almuslim. Asrida SE, M.Si.Ak diangkat sebagai Pembantu Dekan I Nour, SE, yang dipercaya menjadi Kepala Biro Umum Universitas Almuslim.Pada Tahun 2007, sejalan dengan penataan kembali struktur kepemimpinan di Fakultas Ekonomi Universitas Almuslim, Sonny Muhammad Ikhsan Mangkuwinata, SE, M.Si diangkat sebagai Pembantu Dekan I menggantikan Asrida, SE, M,Si. Ak. Turut pula diangkat Fakriah, SE. Ak. M.Si sebagai Ketua Prodi Ekonomi Pembangunan dan Haryani, SE, M.Si sebagai Kasubbag Pengajaran.
Tahun 2008 diadakan pemilihan Dekan definitif pertama Fakultas Ekonomi Universitas Almuslim. Terpilih sebagai Dekan Fakultas Ekonomi Dr.Ishak Hasan, M.Si. Pemilihan Dekan ini diikuti oleh pembentukan struktur baru di lingkungan Fakultas Ekonomi Universitas Almuslim dengan Pembantu Dekan I Bidang Akademik dijabat oleh Sonny Muhammad Ikhsan Mangkuwinata, SE, M.Si, Pembantu Dekan III Bidang Kemahasiswaan dijabat oleh Sabri, SE, M.Si, Ketua Program Studi Ekonomi Pembangunan oleh Fakriah, SE. Ak. M.Si dan Kasubbag Pengajaran oleh Haryani, SE. Dalam periode ini, pada tahun 2009 terjadi penggantian Ketua Prodi Ekonomi Pembangunan. Fakriah, SE. Ak, M.Si yang merupakan Ketua Prodi Ekonomi Pembangunan sebelumnya, digantikan oleh Marzalina, SE, M.Si.
Berkenaan dengan berakhirnya masa jabatan Dekan periode sebelumnya, pada tahun 2012 Senat Fakultas Ekonomi Universitas Almuslim kembali mengadakan pemilihan Dekan untuk masa bakti 2012-2016. Sonny Muhammad Ikhsan Mangkuwinata, SE, M.Si, terpilih sebagai Dekan Fakultas Ekonomi Universitas Almuslim menggantikaan Dr. Ishak Hasan, M.Si. Pada periode ini dilakukan kembali penyempurnaan struktur organisasi di Fakultas Ekonomi Universitas Almuslim. Penyebutan nama jabatan Pembantu Dekan tidak lagi digunakan dan diganti dengan nama jabatan Wakil Dekan. Jabatan Wakil Dekan II Bidang Keuangan yang selama ini kosong turut pula diisi dengan pajabat baru.
Pada tahun 2017 tepatnya bulan April 2017 diadakan pemilihan Dekan Fakultas Ekonomi yang terpilih Hakim Muttaqim,B.Soc.Sc.,M.Ec.Dev yang sebelumnya menjabat Wakil Dekan III bidang Kemahasiswaan dengan periode 2017-2021.turut pula di lantik beberapa wakil dekan dan ketua program studi yang dominan adalah orang-orang lama yang telah menajabat di struktural.an.